昆明市科协机关设办公室、学会部、普及部、青少部、国际部、宣教部6个职能部（室）和机关党总支。下属三家事业单位，分别为：昆明科普中心，昆明科技进修学院、昆明市科协科技咨询服务中心。

昆明市科协主要工作职责为：

（1）开展学术交流，活跃学术思想，促进学科发展，促进科技与经济的结合。负责对市有自然科学学会（协会、研究会）进行管理；对县（市）区科协、企事业单位科协进行业务指导。

（2）弘扬科学精神，普及科学知识，传播科学思想和科学方法，捍卫科学尊严。推广先进技术，协调、组织全社会开展科普活动，提高公众科学文化素质。

（3）反映科学技术工作者的意见和要求，维护科学技术工作者的合法权益。组织科学技术工作者参与科学技术政策、地方性法规的制定和政治协商、科学决策、民主监督工作。

（4）表彰奖励优秀科学技术工作者，举荐人才，弘扬“尊重知识、尊重人才”的风尚。开展继续教育和科技培训工作。

（5）开展科学论证、科技咨询、技术开发、项目评审、成果鉴定、接受委托评定专业技术职称，促进科技成果向现实生产力转化。

（6）开展国际民间科学技术交流活动，发展同国外及港澳台地区的科学技术团体和科学技术工作者的友好交往与技术合作。

（7）兴办符合昆明市科学技术协会宗旨和章程的科技实体、事业单位；兴建科技教育场馆、科技试验示范基地、科普网站；编辑出版科普书籍、报刊；制作科技音像制品。

（8）承办市委、市政府和上级协交办的其他工作。